CloudFlare kan benyttes med SSL dersom man oppgraderer tjenesten hos CloudFlare til betalt abonnement. For å få til dette bør man følge linken under:
http://www.cloudflare.com/wiki/How_do_I_add_SSL_support_for_a_domain%3F

Dersom man ikke ønsker å oppgradere, men likevel ønsker å benytte CloudFlare bør man sette opp SSL på et subdomene som for eksempel ssl.dittdomene.no (hvor dittdomene.no er ditt domene). CloudFlare må være av for subdomenet.